Dès la libération de notre territoire en Septembre 1944, le Ministère le la Défense Nationale décide de la remise sur pied de notre Armée et active la création de brigades d'infanterie indépendantes dénommées les "brigades irlandaises". Parmi celles-ci, nous retrouvons la 3 Brigade d'Infanterie Rumbeek. Créée le 12 Mars 1945, elle part pour l'Irlande afin d'y recevoir six mois d'instruction. De cette brigade est issue la 5 Compagnie Transport de l'approvisionnement en vivres et carburants. De régime linguistique néerlandophone, elle est cantonnée à Soest, d’abord à la Caserne Namur (actuellement Quartier Steenstraete), puis au Quartier Colonel Adam.

Suite au passage de l'Armée Belge à l'organisation "américaine", la 12 Compagnie Transport est créée le 01 Décembre 1951. La compagnie est constituée par des pelotons transport et une partie du commandement de la 5 Compagnie RASC. Installée à Soest au Quartier Adam, elle dépend hiérarchiquement du 1 Bataillon Transport. Après la dissolution de ce bataillon le 15 Octobre 1952, elle passe sous commandement du 2 Bataillon Transport.

Le 26 Mars 1960, la 12 Compagnie Transport fait mouvement de Soest vers Dellbruck où elle occupe le Quartier Morslede. Elle y reste jusqu'en juillet 1965, date à laquelle elle vient s'installer au Quartier Sous-Lieutenant Holm à Niehl.

Après la dissolution du 2 Bataillon Transport le 31 Juillet 1969, la 12 Compagnie Transport est rattachée au 4 Bataillon Transport qui, suite à la création du Corps Logistique le 5 Janvier 1971, prend la dénomination de 4 Bataillon Logistique. Cette restructuration entraîne également le passage de la compagnie sous régime linguistique francophone.

La 12 Compagnie Transport conserve sa dénomination jusqu'au 1 Juin 1989, date à laquelle elle devient 12 Compagnie Transport Lourd, conséquence de la mise en place d'un nouveau charroi (Camion VOLVO).

Le 8 Juin 1990, après trente-neuf ans de prestations les plus diverses au profit des Forces Belges en Allemagne, la 12 Compagnie Transport Lourd quittera définitivement Niehl et occupera ses nouvelles installations au Quartier de Hemptinne à Heverlee. Elle dépendra hiérarchiquement du Centre Logistique de la Force Terrestre, sous la dénomination de Compagnie Transport Lourd.

Le 01 Septembre 1994, dans le cadre de l'opération BEAR 97 (restructuration de l'Armée), la compagnie est redevenue la 12 Compagnie Transport, dépendant du 72 Bataillon Transport dont l'Etat-Major se situait à Peutie.

Depuis le 30 Juin 1995, la 12 Compagnie Transport a déménagé vers le Camp Adjudant Brasseur à Amay. Le 15 Mai 2002, elle est passée sous les ordres du 8 Bataillon Logistique.

Dans le cadre de la transformation de la Défense, la 12 Compagnie Transport sera inopérationnelle au 1 Janvier 2011 et dissoute fin Mars 2011.